교육혁신원은 교육수요자중심, 역량기반 교육의 효과성, 효율성 제고를 위해 교육역량강화센터, 교육품질관리센터, 아리비교과센터로 구성되어 있다. 각 센터들은 교육과 학생지원 서비스를 고도화하기 위해 유기적으로 연결되어 있으며 학생들의 성적, 상담, 포트폴리오를 종합적으로 관리하는 학생종합정보시스템(SI²MS)을 이와 연계하여 운영하고 있다. 교육혁신원의 조직과 구성인력은 다음과 같다.